goatools package

Subpackages

• goatools.anno package
  • Subpackages
    • goatools.anno.extensions package
      • Submodules
      • Module contents
    • goatools.anno.init package
      • Submodules
      • Module contents
  • Submodules
    • goatools.anno.annoreader_base module
      • AnnoReaderBase
    • goatools.anno.broad_gos module
    • goatools.anno.dnld_ebi_goa module
      • DnldGoa
    • goatools.anno.eco2group module
    • goatools.anno.factory module
      • get_objanno()
      • get_objanno_g_kws()
      • get_type_filename()
      • get_anno_desc()
    • goatools.anno.gaf_reader module
      • GafReader
    • goatools.anno.genetogo_reader module
      • Gene2GoReader
    • goatools.anno.gpad_reader module
      • GpadReader
    • goatools.anno.idtogos_reader module
      • IdToGosReader
    • goatools.anno.opts module
      • AnnoOptions
    • goatools.anno.update_association module
      • update_association()
      • remove_assc_goids()
      • get_goids_to_remove()
      • clean_anno()
  • Module contents
• goatools.cli package
  • Submodules
    • goatools.cli.compare_gos module
      • CompareGOsCli
      • main()
    • goatools.cli.docopt_parse module
      • DocOptParse
    • goatools.cli.fetch_associations module
      • main()
    • goatools.cli.find_enrichment module
      • GoeaCliArgs
      • GoeaCliFnc
      • GroupItems
      • GrpWr
      • main()
    • goatools.cli.gos_get module
      • get_go2color()
      • GetGOs
    • goatools.cli.gosubdag_plot module
      • CliGetGOs
      • PlotCli
      • main()
    • goatools.cli.grouped module
      • Grouped
    • goatools.cli.main module
      • main()
    • goatools.cli.map_to_slim module
      • main()
    • goatools.cli.ncbi_gene_results_to_python module
      • ncbi_tsv_to_py()
      • NCBIgeneToPythonCli
      • main()
    • goatools.cli.plot_go_term module
      • main()
    • goatools.cli.prt_terms module
      • PrtGOterms
      • main()
    • goatools.cli.wr_hierarchy module
      • cli()
      • main()
      • WrHierCli
    • goatools.cli.wr_sections module
      • WrSectionsCli
      • main()
  • Module contents
• goatools.godag package
  • Submodules
    • goatools.godag.consts module
      • chk_relationships()
    • goatools.godag.go_tasks module
      • get_go2parents()
      • get_go2children()
      • get_go2parents_isa()
      • get_go2children_isa()
      • get_go2ancestors()
      • get_go2descendants()
      • get_go2depth()
      • get_id2parents()
      • get_id2children()
      • get_id2upper()
      • get_id2lower()
      • get_id2upperselect()
      • get_id2lowerselect()
      • get_relationship_targets()
      • IdToUpperSelect
      • IdToLowerSelect
      • CurNHigher
    • goatools.godag.obo_optional_attributes module
      • OboOptionalAttrs
    • goatools.godag.obographs module
      • get_obo_id()
      • get_fragment()
      • OboGraphsReader
    • goatools.godag.prtfncs module
      • GoeaPrintFunctions
    • goatools.godag.prttime module
      • GoDagTimed
      • prt_hms()
    • goatools.godag.relationship_combos module
      • RelationshipCombos
    • goatools.godag.relationship_str module
      • RelationshipStr
    • goatools.godag.reldepth module
      • get_go2reldepth()
      • RelDepthCalc
    • goatools.godag.typedef module
      • TypeDef
      • add_to_typedef()
  • Module contents
• goatools.goea package
  • Subpackages
    • goatools.goea.algorithms package
      • Submodules
      • Module contents
  • Submodules
    • goatools.goea.go_enrichment_ns module
      • GOEnrichmentStudyNS
  • Module contents
• goatools.gosubdag package
  • Subpackages
    • goatools.gosubdag.plot package
      • Submodules
      • Module contents
    • goatools.gosubdag.rpt package
      • Submodules
      • Module contents
  • Submodules
    • goatools.gosubdag.go_edges module
      • get_edgesobj()
      • EdgesBase
      • EdgesRelatives
      • EdgesPath
    • goatools.gosubdag.go_most_specific module
      • get_most_specific_dcnt()
      • get_most_specific_tinfo()
      • get_most_specific_tinfo_dcnt()
    • goatools.gosubdag.go_paths module
      • GoPaths
      • get_paths_goobjs()
      • paths2edges()
      • path2edges()
    • goatools.gosubdag.go_tasks module
      • get_sorted_relationship()
      • TopologicalSortRelationships
      • get_go2obj_unique()
      • get_go2parents_go2obj()
      • get_go2children_go2obj()
      • get_goobjs_altgo2goobj()
      • add_alt_goids()
      • fill_main_goids()
      • fill_altgoids()
      • fill_relationshipobjs()
      • RelationshipFill
      • get_child_objs()
      • fill_childgoid2obj()
      • get_leaf_children()
      • goid_is_valid()
      • goids_valid()
      • chk_goids()
    • goatools.gosubdag.godag_rcnt module
      • CountRelatives
    • goatools.gosubdag.godag_rcnt_init module
      • CountRelativesInit
    • goatools.gosubdag.gosubdag module
      • GoSubDag
    • goatools.gosubdag.gosubdag_init module
      • InitGOs
      • InitFields
    • goatools.gosubdag.utils module
      • extract_kwargs()
      • get_kwargs_set()
      • get_kwargs()
      • chk_kwargs()
  • Module contents
• goatools.grouper package
  • Submodules
    • goatools.grouper.aart_geneproducts_all module
      • AArtGeneProductSetsAll
    • goatools.grouper.aart_geneproducts_one module
      • AArtGeneProductSetsOne
    • goatools.grouper.colors module
      • GrouperColors
    • goatools.grouper.grprdflts module
      • GrouperDflts
    • goatools.grouper.grprobj module
      • Grouper
    • goatools.grouper.grprobj_init module
      • GrouperInit
    • goatools.grouper.grprplt module
      • GrouperPlot
    • goatools.grouper.hdrgos module
      • HdrgosSections
    • goatools.grouper.plotobj module
      • PltGroupedGosArgs
      • PltGroupedGos
      • GoSubDagPlotNt
    • goatools.grouper.read_goids module
      • read_sections()
      • read_goids()
      • ReadGoids
    • goatools.grouper.sorter module
      • Sorter
    • goatools.grouper.sorter_gos module
      • SorterGoIds
    • goatools.grouper.sorter_nts module
      • SorterNts
    • goatools.grouper.tasks module
      • SummarySec2dHdrGos
    • goatools.grouper.utils module
      • get_hdridx_flds()
      • no_duplicates_sections2d()
    • goatools.grouper.wr_sections module
      • WrSectionsBase
      • WrSectionsPy
      • WrSectionsTxt
    • goatools.grouper.wrxlsx module
      • WrXlsxSortedGos
  • Module contents
• goatools.parsers package
  • Submodules
    • goatools.parsers.david_chart module
      • DavidChartReader
    • goatools.parsers.ncbi_gene_file_reader module
      • NCBIgeneFileReader
  • Module contents
• goatools.rpt package
  • Submodules
    • goatools.rpt.goea_nt_xfrm module
      • get_study_items()
      • get_goea_nts_prt()
      • MgrNtGOEAs
    • goatools.rpt.nts_xfrm module
      • MgrNts
    • goatools.rpt.prtfmt module
      • PrtFmt
    • goatools.rpt.rpt_lev_depth module
      • prt_lev_depth()
      • RptLevDepth
    • goatools.rpt.write_hierarchy_base module
      • WrHierPrt
  • Module contents
• goatools.semsim package
  • Subpackages
    • goatools.semsim.termwise package
      • Submodules
      • Module contents
  • Module contents

Submodules

• goatools.associations module
  • dnld_assc()
  • dnld_annotation()
  • read_associations()
  • get_assoc_ncbi_taxids()
  • dnld_ncbi_gene_file()
  • dnld_annofile()
  • read_ncbi_gene2go()
  • get_gaf_hdr()
  • read_gaf()
  • get_b2aset()
  • get_assc_pruned()
  • read_annotations()
  • get_tcntobj()
• goatools.base module
  • get_logger()
  • nopen()
  • ungzipper()
  • download_go_basic_obo()
  • download_ncbi_associations()
  • gunzip()
  • get_godag()
  • dnld_gaf()
  • dnld_gafs()
  • http_get()
  • ftp_get()
  • dnld_file()
  • gzip_open_to()
• goatools.evidence_codes module
  • EvidenceCodes
    • EvidenceCodes.ntobj
    • EvidenceCodes.code2nt
    • EvidenceCodes.ev2idx
    • EvidenceCodes.prt_summary_code()
    • EvidenceCodes.prt_details()
    • EvidenceCodes.get_min_inc_exc()
    • EvidenceCodes.get_evcodes()
    • EvidenceCodes.get_evcodes_all()
    • EvidenceCodes.sort_nts()
    • EvidenceCodes.get_grp_name()
    • EvidenceCodes.prt_ev_cnts()
    • EvidenceCodes.get_order()
    • EvidenceCodes.prt_summary_anno2ev()
• goatools.go_enrichment module
  • GOEnrichmentRecord
    • GOEnrichmentRecord.namespace2NS
    • GOEnrichmentRecord.get_method_name()
    • GOEnrichmentRecord.get_pvalue()
    • GOEnrichmentRecord.set_corrected_pval()
    • GOEnrichmentRecord.get_indent_dots()
    • GOEnrichmentRecord.set_goterm()
    • GOEnrichmentRecord.fold_enrichment
    • GOEnrichmentRecord.update_remaining_fldsdefprt()
    • GOEnrichmentRecord.get_prtflds_default()
    • GOEnrichmentRecord.get_prtflds_all()
    • GOEnrichmentRecord.get_field_values()
  • GOEnrichmentStudy
    • GOEnrichmentStudy.objprtres
    • GOEnrichmentStudy.kws_ok
    • GOEnrichmentStudy.run_study()
    • GOEnrichmentStudy.run_study_nts()
    • GOEnrichmentStudy.get_results_msg()
    • GOEnrichmentStudy.get_pval_uncorr()
    • GOEnrichmentStudy.get_study_items()
    • GOEnrichmentStudy.print_results()
    • GOEnrichmentStudy.wr_txt()
    • GOEnrichmentStudy.prt_txt()
    • GOEnrichmentStudy.wr_xlsx()
    • GOEnrichmentStudy.wr_tsv()
    • GOEnrichmentStudy.prt_tsv()
    • GOEnrichmentStudy.get_ns2nts()
    • GOEnrichmentStudy.get_item_cnt()
    • GOEnrichmentStudy.wr_py_goea_results()
• goatools.go_search module
  • GoSearch
    • GoSearch.DEF_SRCH_HDRS
    • GoSearch.get_matching_gos()
    • GoSearch.add_children_gos()
    • GoSearch.get_items()
• goatools.godag_obosm module
  • OboToGoDagSmall
• goatools.godag_plot module
  • plot_gos()
  • plot_goid2goobj()
  • plot_results()
  • plt_goea_results()
  • GODagPltVars
    • GODagPltVars.rel2col
    • GODagPltVars.alpha2col
    • GODagPltVars.key2col
    • GODagPltVars.fmthdr
    • GODagPltVars.fmtres
    • GODagPltVars.items_p_line
  • GODagSmallPlot
    • GODagSmallPlot.plt()
• goatools.godag_small module
  • GODagSmall
    • GODagSmall.num_goterms()
    • GODagSmall.get_edges()
• goatools.mapslim module
  • mapslim()
• goatools.multiple_testing module
  • Methods
    • Methods.all_methods
    • Methods.prefixes
    • Methods.NtMethodInfo
      • Methods.NtMethodInfo.fieldname
      • Methods.NtMethodInfo.method
      • Methods.NtMethodInfo.source
    • Methods.getmsg_valid_methods()
    • Methods.get_fieldname()
    • Methods.rpt_invalid_method()
    • Methods.get_fldnm_method()
    • Methods.get_statsmodels_multipletests()
  • Bonferroni
    • Bonferroni.set_correction()
  • Sidak
    • Sidak.set_correction()
  • HolmBonferroni
    • HolmBonferroni.set_correction()
  • FDR
  • mcorrection_factory()
  • calc_qval()
• goatools.nt_utils module
  • get_dict_w_id2nts()
  • get_list_w_id2nts()
  • combine_nt_lists()
  • wr_py_nts()
  • prt_nts()
  • get_unique_fields()
• goatools.obo_parser module
  • OBOReader
  • GOTerm
    • GOTerm.has_parent()
    • GOTerm.has_child()
    • GOTerm.get_all_parents()
    • GOTerm.get_all_upper()
    • GOTerm.get_all_children()
    • GOTerm.get_all_lower()
    • GOTerm.get_all_parent_edges()
    • GOTerm.get_all_child_edges()
    • GOTerm.get_goterms_upper()
    • GOTerm.get_goterms_upper_rels()
    • GOTerm.get_goterms_lower()
    • GOTerm.get_goterms_lower_rels()
  • GODag
    • GODag.load_obo_file()
    • GODag.write_dag()
    • GODag.id2int()
    • GODag.query_term()
    • GODag.paths_to_top()
    • GODag.label_wrap()
    • GODag.make_graph_pydot()
    • GODag.make_graph_pygraphviz()
    • GODag.draw_lineage()
    • GODag.update_association()
• goatools.obo_tasks module
  • get_all_parents()
• goatools.pvalcalc module
  • PvalCalcBase
    • PvalCalcBase.calc_pvalue()
  • FisherScipyStats
    • FisherScipyStats.fmterr
    • FisherScipyStats.alternatives
    • FisherScipyStats.calc_pvalue()
  • FisherFactory
    • FisherFactory.options
• goatools.randseed module
  • RandomSeed32
    • RandomSeed32.prt()
    • RandomSeed32.prt_seed()
    • RandomSeed32.get_seed_str()
    • RandomSeed32.get_seed_hexstr()
• goatools.ratio module
  • count_terms()
  • get_terms()
  • is_ratio_different()
• goatools.semantic module
  • TermCounts
    • TermCounts.get_annotations_reversed()
    • TermCounts.get_count()
    • TermCounts.get_total_count()
    • TermCounts.get_term_freq()
    • TermCounts.get_gosubdag_all()
    • TermCounts.prt_objdesc()
  • get_info_content()
  • resnik_sim()
  • lin_sim()
  • lin_sim_calc()
  • get_freq_msca()
  • schlicker_sim()
  • schlicker_sim_calc()
  • common_parent_go_ids()
  • deepest_common_ancestor()
  • most_informative_common_ancestor()
  • get_deepest_common_ancestors()
  • min_branch_length()
  • shortest_path()
  • semantic_distance()
  • semantic_similarity()
• goatools.statsdescribe module
  • StatsDescribe
    • StatsDescribe.fmt
    • StatsDescribe.prt_hdr()
    • StatsDescribe.prt_data()
    • StatsDescribe.getstr_data()
    • StatsDescribe.get_fld2val()
• goatools.utils module
  • get_b2aset()
  • read_geneset()
• goatools.version module
• goatools.wr_tbl module
  • prt_txt()
  • get_lines()
  • prt_nts()
  • wr_xlsx()
  • wr_xlsx_sections()
  • wr_tsv()
  • prt_tsv_sections()
  • prt_tsv()
  • prt_tsv_hdr()
  • prt_tsv_dat()
  • get_fmtflds()
  • get_fmtfldsdict()
  • mk_fmtfld()
• goatools.wr_tbl_class module
  • WrXlsxParams
  • WrXlsx
    • WrXlsx.dflt_fmt_hdr
    • WrXlsx.wr_title()
    • WrXlsx.wr_row_mergeall()
    • WrXlsx.wr_hdrs()
    • WrXlsx.wr_data()
    • WrXlsx.add_worksheet()
    • WrXlsx.set_xlsx_colwidths()
  • WbFmt
    • WbFmt.dflt_wbfmtdict
    • WbFmt.get_prt_flds()
    • WbFmt.get_hdrs()
    • WbFmt.get_wbfmt()
    • WbFmt.get_fmt_section()
  • get_hdrs()

Module contents