goatools.grouper package

Submodules

• goatools.grouper.aart_geneproducts_all module
  • AArtGeneProductSetsAll
    • AArtGeneProductSetsAll.keys_exp
    • AArtGeneProductSetsAll.all_chrints
    • AArtGeneProductSetsAll.run()
    • AArtGeneProductSetsAll.prt_mrks()
    • AArtGeneProductSetsAll.prt_section_key()
    • AArtGeneProductSetsAll.str_hdr()
    • AArtGeneProductSetsAll.get_chr2idx()
• goatools.grouper.aart_geneproducts_one module
  • AArtGeneProductSetsOne
    • AArtGeneProductSetsOne.prt_report_grp0()
    • AArtGeneProductSetsOne.prt_report_grp1()
    • AArtGeneProductSetsOne.str_summaryline()
    • AArtGeneProductSetsOne.prt_gos_grouped()
    • AArtGeneProductSetsOne.prt_gos_flat()
    • AArtGeneProductSetsOne.prt_gene_aart()
    • AArtGeneProductSetsOne.prt_gene_aart_details()
    • AArtGeneProductSetsOne.prt_section_key()
    • AArtGeneProductSetsOne.str_hdr()
    • AArtGeneProductSetsOne.get_section_marks()
    • AArtGeneProductSetsOne.get_gene2binvec()
• goatools.grouper.colors module
  • GrouperColors
    • GrouperColors.hdrcol_all
    • GrouperColors.get_bordercolor()
    • GrouperColors.get_go2color_users()
• goatools.grouper.grprdflts module
  • GrouperDflts
    • GrouperDflts.get_gos_d0d1()
    • GrouperDflts.get_gosubdag()
• goatools.grouper.grprobj module
  • Grouper
    • Grouper.fmtsum
    • Grouper.get_usrgos_w_parents()
    • Grouper.get_sections_2d()
    • Grouper.get_usrgos_g_section()
    • Grouper.get_section2usrnts()
    • Grouper.get_section2items()
    • Grouper.get_hdrgos_g_usrgos()
    • Grouper.get_section_hdrgos_nts()
    • Grouper.get_sections_2d_nts()
    • Grouper.get_hdrgos()
    • Grouper.get_usrgos_g_hdrgos()
    • Grouper.get_hdrgos_unplaced()
    • Grouper.get_hdrgos_u0()
    • Grouper.get_hdrgos_u1()
    • Grouper.get_hdrgo2usrgos()
    • Grouper.get_usrgo2hdrgo()
    • Grouper.get_go2sectiontxt()
    • Grouper.get_usrgo2sections()
    • Grouper.get_fout_base()
    • Grouper.prt_summary()
• goatools.grouper.grprobj_init module
  • GrouperInit
    • GrouperInit.most_specific_fncs
    • GrouperInit.get_gos_all()
    • GrouperInit.GetGoidHigh
      • GrouperInit.GetGoidHigh.get_goid_high()
    • GrouperInit.get_go2nt()
    • GrouperInit.NtMaker
      • GrouperInit.NtMaker.ntobj
      • GrouperInit.NtMaker.get_nt()
• goatools.grouper.grprplt module
  • GrouperPlot
    • GrouperPlot.plot_sections()
    • GrouperPlot.plot_groups_all()
    • GrouperPlot.get_pltdotstrs()
    • GrouperPlot.get_pltdotstr()
    • GrouperPlot.plot_groups_unplaced()
    • GrouperPlot.get_gosubdagplot()
    • GrouperPlot.plot_gos()
    • GrouperPlot.get_go2txt()
    • GrouperPlot.plot_grouped_gos()
• goatools.grouper.hdrgos module
  • HdrgosSections
    • HdrgosSections.secdflt
    • HdrgosSections.get_sections()
    • HdrgosSections.get_hdrgos()
    • HdrgosSections.num_hdrgos()
    • HdrgosSections.get_section_hdrgos()
• goatools.grouper.plotobj module
  • PltGroupedGosArgs
    • PltGroupedGosArgs.keys_plt
    • PltGroupedGosArgs.keys_loc
    • PltGroupedGosArgs.hdrgo_dflt_color
    • PltGroupedGosArgs.get_go2color_inst()
    • PltGroupedGosArgs.get_kws_plt()
  • PltGroupedGos
    • PltGroupedGos.ntpltgo
    • PltGroupedGos.plot_sections()
    • PltGroupedGos.plot_groups_all()
    • PltGroupedGos.plot_groups_unplaced()
    • PltGroupedGos.get_pltdotstrs()
  • GoSubDagPlotNt
    • GoSubDagPlotNt.wrplt()
    • GoSubDagPlotNt.get_dotstr()
    • GoSubDagPlotNt.get_pltpat()
• goatools.grouper.read_goids module
  • read_sections()
  • read_goids()
  • ReadGoids
    • ReadGoids.srch_section
    • ReadGoids.srch_py_section
    • ReadGoids.srch_py_goids
    • ReadGoids.read_txt()
    • ReadGoids.read_py()
    • ReadGoids.read_sections()
    • ReadGoids.internal_get_goids_or_sections()
• goatools.grouper.sorter module
  • Sorter
    • Sorter.keys_nts
    • Sorter.prt_gos()
    • Sorter.prt_nts()
    • Sorter.get_desc2nts()
    • Sorter.get_desc2nts_fnc()
    • Sorter.get_sections_flattened()
    • Sorter.get_nts_flat()
    • Sorter.get_fields()
• goatools.grouper.sorter_gos module
  • SorterGoIds
    • SorterGoIds.sortby()
    • SorterGoIds.get_nts_sorted()
    • SorterGoIds.get_sorted_hdrgo2usrgos()
• goatools.grouper.sorter_nts module
  • SorterNts
    • SorterNts.get_sorted_nts_keep_section()
    • SorterNts.get_sorted_nts_omit_section()
• goatools.grouper.tasks module
  • SummarySec2dHdrGos
    • SummarySec2dHdrGos.summarize_sec2hdrgos()
    • SummarySec2dHdrGos.summarize_sec2hdrnts()
• goatools.grouper.utils module
  • get_hdridx_flds()
  • no_duplicates_sections2d()
• goatools.grouper.wr_sections module
  • WrSectionsBase
    • WrSectionsBase.prt_ver()
    • WrSectionsBase.prt_col_hdr()
    • WrSectionsBase.get_sections_2dnt()
    • WrSectionsBase.get_ntgos_sorted()
    • WrSectionsBase.prt_ntgos()
    • WrSectionsBase.get_summary_data()
    • WrSectionsBase.get_summary_str()
  • WrSectionsPy
    • WrSectionsPy.wr_py_sections_new()
    • WrSectionsPy.wr_py_sections()
  • WrSectionsTxt
    • WrSectionsTxt.prt_sections()
    • WrSectionsTxt.prt_info()
    • WrSectionsTxt.prt_goid_cnt()
    • WrSectionsTxt.wr_txt_grouping_gos()
    • WrSectionsTxt.wr_txt_section_hdrgos()
• goatools.grouper.wrxlsx module
  • WrXlsxSortedGos
    • WrXlsxSortedGos.kw_keys_xlsx
    • WrXlsxSortedGos.wr_xlsx_gos()
    • WrXlsxSortedGos.wr_xlsx_nts()
    • WrXlsxSortedGos.wr_txt_gos()
    • WrXlsxSortedGos.wr_txt_nts()
    • WrXlsxSortedGos.prt_txt_desc2nts()
    • WrXlsxSortedGos.get_prtfmt()
    • WrXlsxSortedGos.get_col_hdr()

Module contents