goatools.anno package

Subpackages

• goatools.anno.extensions package
  • Submodules
    • goatools.anno.extensions.extension module
      • AnnotationExtension
    • goatools.anno.extensions.extensions module
      • AnnotationExtensions
    • goatools.anno.extensions.factory module
      • get_extensions()
  • Module contents
• goatools.anno.init package
  • Submodules
    • goatools.anno.init.reader_gaf module
      • InitAssc
      • GafData
      • GafHdr
    • goatools.anno.init.reader_genetogo module
      • InitAssc
    • goatools.anno.init.reader_gpad module
      • InitAssc
      • GpadHdr
    • goatools.anno.init.reader_idtogos module
      • InitAssc
    • goatools.anno.init.utils module
      • get_date_yyyymmdd()
  • Module contents

Submodules

• goatools.anno.annoreader_base module
  • AnnoReaderBase
    • AnnoReaderBase.tic
    • AnnoReaderBase.exp_qualifiers
    • AnnoReaderBase.valid_formats
    • AnnoReaderBase.exp_nss
    • AnnoReaderBase.get_desc()
    • AnnoReaderBase.get_associations()
    • AnnoReaderBase.prt_summary_anno2ev()
    • AnnoReaderBase.get_name()
    • AnnoReaderBase.get_taxid()
    • AnnoReaderBase.get_ns2assc()
    • AnnoReaderBase.get_ns2ntsanno()
    • AnnoReaderBase.get_id2gos_nss()
    • AnnoReaderBase.get_id2gos()
    • AnnoReaderBase.has_ns()
    • AnnoReaderBase.prt_qualifiers()
    • AnnoReaderBase.reduce_annotations()
    • AnnoReaderBase.update_association()
    • AnnoReaderBase.get_dbid2goids()
    • AnnoReaderBase.get_goid2dbids()
    • AnnoReaderBase.hms()
    • AnnoReaderBase.chk_associations()
    • AnnoReaderBase.nts_ev_nd()
    • AnnoReaderBase.nts_qual_not()
    • AnnoReaderBase.chk_qualifiers()
    • AnnoReaderBase.chk_godag()
    • AnnoReaderBase.prt_counts()
• goatools.anno.broad_gos module
• goatools.anno.dnld_ebi_goa module
  • DnldGoa
    • DnldGoa.ftp_pub
    • DnldGoa.species
    • DnldGoa.species_items
    • DnldGoa.exts
    • DnldGoa.dnld_goa()
    • DnldGoa.get_basename()
• goatools.anno.eco2group module
• goatools.anno.factory module
  • get_objanno()
  • get_objanno_g_kws()
  • get_type_filename()
  • get_anno_desc()
• goatools.anno.gaf_reader module
  • GafReader
    • GafReader.exp_kws
    • GafReader.read_gaf()
    • GafReader.wr_txt()
    • GafReader.chk_associations()
    • GafReader.has_ns()
• goatools.anno.genetogo_reader module
  • Gene2GoReader
    • Gene2GoReader.exp_kws
    • Gene2GoReader.get_ns2assc()
    • Gene2GoReader.get_ns2ntsanno()
    • Gene2GoReader.get_associations()
    • Gene2GoReader.get_id2gos_nss()
    • Gene2GoReader.get_name()
    • Gene2GoReader.get_taxid()
    • Gene2GoReader.has_ns()
    • Gene2GoReader.prt_counts()
    • Gene2GoReader.get_taxid2asscs()
    • Gene2GoReader.fill_taxid2asscs()
    • Gene2GoReader.get_id2gos_all()
• goatools.anno.gpad_reader module
  • GpadReader
    • GpadReader.exp_kws
    • GpadReader.get_relation_cnt()
• goatools.anno.idtogos_reader module
  • IdToGosReader
    • IdToGosReader.exp_kws
    • IdToGosReader.wr_id2gos()
    • IdToGosReader.prt_summary_anno2ev()
    • IdToGosReader.reduce_annotations()
    • IdToGosReader.nts_ev_nd()
    • IdToGosReader.nts_qual_not()
    • IdToGosReader.chk_associations()
• goatools.anno.opts module
  • AnnoOptions
    • AnnoOptions.keys_exp
    • AnnoOptions.nd_not2desc
    • AnnoOptions.incexc2num
    • AnnoOptions.getfnc_qual_ev()
• goatools.anno.update_association module
  • update_association()
  • remove_assc_goids()
  • get_goids_to_remove()
  • clean_anno()

Module contents