goatools.cli package

Submodules

• goatools.cli.compare_gos module
  • CompareGOsCli
    • CompareGOsCli.kws_dict
    • CompareGOsCli.kws_set
    • CompareGOsCli.excl_flds
    • CompareGOsCli.write()
  • main()
• goatools.cli.docopt_parse module
  • DocOptParse
    • DocOptParse.get_docargs()
• goatools.cli.fetch_associations module
  • main()
• goatools.cli.find_enrichment module
  • GoeaCliArgs
  • GoeaCliFnc
    • GoeaCliFnc.prt_results()
    • GoeaCliFnc.prt_outfiles_flat()
    • GoeaCliFnc.get_results()
    • GoeaCliFnc.chk_genes()
    • GoeaCliFnc.get_results_sig()
    • GoeaCliFnc.get_overlap()
    • GoeaCliFnc.get_pval_field()
    • GoeaCliFnc.rd_files()
  • GroupItems
    • GroupItems.get_objgrpwr()
    • GroupItems.get_sortobj()
  • GrpWr
    • GrpWr.objprtfmt
    • GrpWr.prt_outfiles_grouped()
    • GrpWr.wr_xlsx()
    • GrpWr.wr_tsv()
    • GrpWr.wr_txt()
    • GrpWr.prt_tsv()
    • GrpWr.prt_txt()
  • main()
• goatools.cli.gos_get module
  • get_go2color()
  • GetGOs
    • GetGOs.get_goids()
    • GetGOs.get_usrgos()
    • GetGOs.get_go2obj()
    • GetGOs.rdtxt_gos()
    • GetGOs.rdtxt_gos_color()
    • GetGOs.get_goargs()
• goatools.cli.gosubdag_plot module
  • CliGetGOs
    • CliGetGOs.max_gos
    • CliGetGOs.get_go_color()
  • PlotCli
    • PlotCli.kws_dict
    • PlotCli.kws_set
    • PlotCli.dflt_outfile
    • PlotCli.kws_plt
    • PlotCli.cli()
    • PlotCli.plot()
    • PlotCli.get_gosubdagplot()
    • PlotCli.get_docargs()
    • PlotCli.get_outfile()
  • main()
• goatools.cli.grouped module
  • Grouped
    • Grouped.kws_dict
• goatools.cli.main module
  • main()
• goatools.cli.map_to_slim module
  • main()
• goatools.cli.ncbi_gene_results_to_python module
  • ncbi_tsv_to_py()
  • NCBIgeneToPythonCli
    • NCBIgeneToPythonCli.argparser
    • NCBIgeneToPythonCli.cli()
    • NCBIgeneToPythonCli.tsv_to_py()
    • NCBIgeneToPythonCli.tsv_to_py_each()
    • NCBIgeneToPythonCli.ncbi_tsv_to_py()
    • NCBIgeneToPythonCli.tsv_to_py_all()
  • main()
• goatools.cli.plot_go_term module
  • main()
• goatools.cli.prt_terms module
  • PrtGOterms
    • PrtGOterms.kws_dict
    • PrtGOterms.kws_set
    • PrtGOterms.cli()
  • main()
• goatools.cli.wr_hierarchy module
  • cli()
  • main()
  • WrHierCli
    • WrHierCli.kws_set_all
    • WrHierCli.kws_dct_all
    • WrHierCli.kws_dct_wr
    • WrHierCli.init_goids()
    • WrHierCli.get_fouts()
    • WrHierCli.wrtxt_hier()
    • WrHierCli.prt_hier()
• goatools.cli.wr_sections module
  • WrSectionsCli
    • WrSectionsCli.kws_dict
    • WrSectionsCli.kws_set
    • WrSectionsCli.cli()
  • main()

Module contents